La Walther P99 posee cuatro seguros internos, miras ajustables tanto en deriva como en elevación, riel para accesorios, botón retén del cargador ambidiestro incorporado en el arco guardamonte, y la parte posterior de la empuñadura se puede intercambiar para mejorar el agarre de acuerdo a la mano del tirador. Los modelos AS y QA también incorporan un botón para desmontar el arma. Este dispositivo es muy bueno, por cuanto consiste en una tecla ubicada en la parte trasera superior de la corredera, y funciona de la siguiente manera: Una vez que se ha introducido un cartucho en la recámara, accionando la mencionada tecla, se desmonta el sistema de aguja de percusión lanzada que posee, quedando el arma en condiciones de efectuar un primer disparo llevando hacia atrás la cola del disparador, tal como si fuera un revólver de doble acción.
Un rediseño de la Walther P99 fue presentado en 2004 que es el que conocemos hoy día, incorporando un arco guardamonte modificado que eliminaba la “rampa de ski” que es claramente visible en las fotos del arma. Esto fue hecho por recomendación de algunos tiradoress que se quejaban de la comodidad del estilo anterior. La empresa Walther también aprovechó la oportunidad para rediseñar la corredera de forma que tuviera mejor agarre, y notablemente, cambió el riel de accesorios de diseño propio por uno del tipo de los llamado Weaver. Algunos modelos construidos en 2005 y todos los modelos posteriores recibieron un cambio de diseño mas: un botón para liberar el cargador más grande. Así vemos que este arma corta ha ido evolucionando, y es, los alemanes, son buenos fabricando armas.